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2027년 상반기 예식을 앞두고 가장 큰 미션인 신혼집 구하기에 본격적으로 뛰어들었습니다. 마침 안양 아크로베스티뉴에 들어가는 '호계온천 주변 청년임대주택' 공고가 떠서 예비신혼부부 전형으로 후다닥 지원했었는데, 무려 1차 서류제출 대상자로 합격했다는 연락을 받았습니다! 🎉 1. 제일 중요한 평형과 임대조건 (보증금/월세) & 거주 기간집을 구하면서 현실적으로 제일 중요한 건 돈과 크기인데 아무래도 청년임대이다보니 가격은 저렴하지만 크기는 쉽지 않습니다.공급 평형 및 세대수: 이번 호계온천 임대주택은 전부 39타입(전용면적 약 39.58㎡) 단일 평형으로 공급됩니다. 총 79세대 중에서 저희 같은 (예비)신혼부부 및 한부모가족에게 배정된 물량은 16세대예요. 기본 임대조건: 신혼부부 전형의 기..

내년 상반기 예식을 앞두고 웨딩홀 계약을 마친 후 요즘은 웨딩밴드를 보고 있습니다. 저희는 명품 브랜드에서 웨딩밴드를 하는 것에는 그렇게 메리트를 느끼지 못해서 조금 더 합리적인 대신 편하게 매일 착용할 수 있는 제품으로 알아보고 있습니다. 그래서 200~300 만원대로 구매할 수 있으면서 너무 마이너한 브랜드 보다는 어느 정도 자신들의 아이덴티티를 구축하고 있는 브랜드 4곳을 비교해 보았습니다. 1. 누니주얼리 (Noonee Jewelry) 브랜드 포지션 : 현대백화점 등 백화점 입점하여 접근성과 신뢰도가 높은 국내 디자이너 브랜드디자인 특징: 나무의 결이나 물결(윤슬) 등 자연물의 텍스처를 금속 표면에 구현하는 세공 방식이 주력입니다. 특히 일반적인 쨍한 옐로우 골드나 로즈 골드 대신 샴페..

내년인 2027년 상반기 예식을 목표로 본격적인 웨딩홀 투어를 다니고 있습니다. 여러 조건들을 비교해 보던 중, 최근 안양 지역에 새롭게 오픈을 준비하고 있는 '안양 루이비스 컨벤션'에 다녀왔습니다. 올해 3월에 상담을 받았고, 전반적인 조건이 저희 기준에 잘 맞아서 당일에 계약까지 진행하게 되었습니다. 웨딩홀을 선택할 때 홀의 분위기도 중요했지만 저희는 하객들의 주차 및 이동 편의성이나 계약 당시 상술...같은 것들이 없는지를 더 우선적으로 봤습니다. 아직 홀이 완공되지 않아 실물을 볼 수 없다는 아쉬움은 있었지만, 상담에서 들은 장점들을 위주로 후기를 남겨봅니다. \ 안양 루이비스 컨벤션 완공 전 상담 후기 1. 대중교통 접근성과 여유로운 주차 공간 가장 먼저 확인한 것은 단연 교통입니다. 안양 ..

오늘은 균주 시퀀스 파일로부터 Antimicrobial Resistance genes 를 찾아내는데 사용할 수 있는 AMRFinder (AMRFinderPlus) 에 대해 간단하게 소개하려고 합니다. 이 프로그램을 사용하면 nucleotide sequence file 또는 protein sequence 를 .fa 형식으로 넣어주면 항생제 저항성 유전자들을 확인할 수 있으며 구동이 쉽고 어쨋든 이런 프로그램을 사용할때 가장 중요한 점은 얼마나 최신화된 데이터베이스를 기반으로 서치해주는지인데 NCBI DB 와 BLAST 를 기반으로 찾아주기 때문에 높은 신뢰도의 결과를 얻을 수 있습니다. 또한 이 툴은 뉴클레오타이드 또는 단백질 시퀀스에 point mutation 등 변형된 시퀀스에 대한 데이터도 포함하고 ..

PICRUST2 에서 커스텀 데이터베이스를 사용하기 위해 필요한 것은 아래와 같습니다.  A multiple-sequence alignment (with the extension .fna or .fasta and can optionally be gzipped)A tree in newick format (extension .tre)A hidden-markov model of the multiple-sequence alignment (extension .hmm)A modelfile output by RaXmL specifying the best parameters for the tree (extension .model) 1. A multiple-sequence alignment (with the extens..

마이크로바이옴 분석을 하다 보면 미생물 구성만으로는 많은 것을 말하기가 어렵습니다. 물론 특정 균주에 집중할 수도 있지만 16S 데이터의 경우 genus level 까지의 한계도 있고 전체적인 군집의 구성에 대해서는 다양성 분석 정도를 제외하면 할 수 있는 것이 많지는 않습니다.  그래서 이후에 미생물 군집의 대사경로로 넘어가는 경우가 많은 것 같습니다. 실제 질량분석기로 측정해서 어떤 대사물질들이 생성되는지도 확인할 수 있지만 PICRUST2 라는 소프트웨어를 사용하면 16S 데이터를 기반으로 대사경로를 예측, 정량해 줍니다. 물론 정확도의 차이는 있겠지만 질량분석이 가격이 조금 나가기에 하기 전에 한번 확인하는 용도로 괜찮습니다.  해당 소프트웨어에 대해서는 잘 설명되어있는 글들이 많아 참고하시면 될..

요즘 기계학습의 성능이 얼마나 올라왔는지 chatgpt 를 보면 체감이 되는 부분이 있습니다. 4.0 버전이 성능이 정말 좋고 특히 코딩이 필요할 때 전공자가 아닌 입장에서 시간을 꽤나 절약할 수 있게 해 주고 이런 흐름은 나중에는 코딩으로 단순히 데이터를 시각화하는 데에 그치는 것이 아니라 모델을 만들고 데이터를 학습시키는 것이 어렵지 않은 작업이 될 것이라고 생각합니다. 그래서 대용량의 유전체 데이터를 다루는 이쪽 분야에서도 움직임을 꾸준하게 쫓아보는 것도 이후에 많은 도움이 될 것이라 생각하고 있습니다. 이전에도 관련해서 포스팅을 올렸던적이 있었는데 일단 마이크로바이옴 데이터를 학습시키는 과정에서 가장 먼저 표준화되어야 하는 것은 어떻게 전처리해서 학습시킬 것인가라고 생각하고 있습니다. 물론 많은 ..

사람의 장내 마이크로바이옴을 분석하기 위해서 가장 흔히 사용되는 방법은 분변 샘플링입니다. 당연하게도, 이러한 간접적인 장내 마이크로바이옴의 분석에는 많은 한계점이 존재합니다. 분변 샘플이 그 사람의 전체 장내를 대변할 수 있느냐의 문제부터 샘플링 과정에서의 오염 또한 빈번하게 일어날 수 있습니다. 실제 장기 기증자의 결장 전체에 대해 16s rRNA 를 분석한 결과 각 부분마다 미생물군집에 차이가 나타났으며 이는 분변 샘플링으로 보는 미생물군집은 정말 작은 하나의 조각에 불과하다는 것을 보여줍니다.     그럼에도 분변 샘플링이 가장 흔하게 사용되는 이유는 그 편의성과 윤리적인 문제 때문일 것입니다. 사실상 건강한 사람의 장내 표피를 얻는 것은 특수한 경우가 아니라면 불가능하기 때문에 완전히 다른 비침..

이전에 differential abundance analysis 수행하는 것에 대한 논문리뷰를 한 적이 있습니다. 해당 논문에서 저자는 LEfSe 는 CoDa (compositional data analysis) methods 를 사용하지 않으며, FDR correction 을 지원하지 않기 때문에 사용을 지양하는 것이 좋아보인다는 언급을 마지막에 하고 있습니다. 그런데 LEfSe 는 K-W test -> wilcoxon test 로 두 번에 걸쳐 유의한 차이가 있는지 검정을 수행하는데 fdr correction 까지 수행할 필요가 있는지 궁금해서 관련 글을 찾아봤습니다. 그러다 아래의 링크에서 관련 내용을 찾을 수 있었습니다.  Multiple comparison correctingHello, I fo..

마이크로바이옴 데이터를 분석할 때 자주 사용되는 분석 워크플로우는 있을 수 있지만 마이크로바이옴 데이터의 특성상 아직까지 정형화된 것은 없습니다.  데이터를 분석하는 데에 있어 다양한 도구들이 교차 사용되고 있으며 현재까지는 자신의 데이터 특성에 맞는 도구를 선택하여 시각화하고, 독자를 설득하는 방식으로 많은 분석이 진행되고 있습니다.  이와 같은 방식으로, 미생물군집의 유사도를 분석하는 베타 다양성 분석 시에도 많은 분석 알고리즘이 있는데, 오늘은 미생물군집의 베타 다양성 분석시 사용할 수 있는 Uniform Manifold Approximation and Projection (UMAP) 에 대해 간단히 소개해보려 합니다.. 미생물군집의 샘플 간 유사도를 확인할 수 있는 beta-diversity 분석..