qiime2-2023.9 업데이트 내용

안녕하세요. 이번에 qiime2 업데이트 내용을 보는데 기존에서 크게 추가된 부분이 있어 한 번 훑어볼 겸 포스팅해보겠습니다.

 

https://forum.qiime2.org/t/qiime-2-2023-9-is-now-available/27923

QIIME 2 2023.9 is now available!

먼저, 위 링크에서 업데이트 내용을 확인하실 수 있습니다.

 

 

amplicon, shotgun, tiny 버전 분리

이번에 가장 크게 변화된 부분입니다.

 

기존에는 이렇게 설치하게 되면 통합된 하나의 버전밖에 없었는데 2023년 9월 버전부터 아래와 같이 목적에 따라 3개의 버전 중에서 선택하여 설치할 수 있도록 분리된 것을 볼 수 있습니다.

 

 

 

1. Amplicon Distribution

 

마이크로바이옴 데이터를 분석할 때 가장 주로 사용되는 ASVs 의 그 Amplicon 입니다. 대부분 16S 부분을 시퀀싱하여 분석하기 때문에 기존의 표준 프로토콜을 사용하여 분석하시던 분들은 해당 버전을 설치하여 사용하시면 될 것 같습니다.

16S 뿐만 아니라 ITS, 18 등의 marker gene 을 사용하여 분석하신다면 해당 버전으로 진행하시면 될 것 같습니다.

 

Amplicon 버전에서 사용할 수 있는 플러그인들은 다음과 같습니다.

• q2-alignment
• q2-composition
• q2-cutadapt
• q2-dada2
• q2-deblur
• q2-demux
• q2-diversity
• q2-diversity-lib
• q2-emperor
• q2-feature-classifier
• q2-feature-table
• q2-fragment-insertion
• q2-longitudinal
• q2-metadata
• q2-phylogeny
• q2-quality-control
• q2-quality-filter
• q2-sample-classifier
• q2-taxa
• q2-types
• q2-vsearch

 

2. Shotgun Distribution

 

Shotgun 버전은 shotgun metagenomic sequencing 으로 생성된 데이터를 분석하는데 사용하기 적합한 버전입니다. 다만, 해당 버전은 아직 테스트 단계에 있으며 실제 대규모 시퀀싱 데이터를 분석하는데 사용하기 보다는 체험판 느낌으로 보면 될 것 같습니다. 실제 사용자로부터 피드백을 받아 개선해나갈 예정이라고 합니다. 

 

shotgun metagenomic sequencing 이란, 16s rRNA gene sequencing 이 특정 부분 (marker gene) 만을 시퀀싱하여 미생물의 정보를 파악하는 것과 다르게 전체 DNA 를 shotgun 으로 쏜 것 처럼 잘게 잘라서 분석한다고 하여 위와 같이 불리는 기법입니다. 전체 유전자를 시퀀싱하므로 16s rRNA gene sequencing 이 genus level 까지 밖에 구별하지 못하는 것과 다르게 species- strain 수준까지 식별할 수 있는 더 상위의 시퀀싱 기법입니다. 

 

개인적으로는 몇 개 샘플을 샷건 시퀀싱 해본 적은 있지만 평소 많은 샘플을 분석하는 데에는 그 비용 차이도 꽤 나는 부분이 있어서 16s 를 주로 사용하고 있습니다.

 

다음과 같은 플러그인을 제공합니다.

• q2-assembly
• q2-cutadapt
• q2-demux
• q2-diversity
• q2-diversity-lib
• q2-emperor
• q2-feature-classifier
• q2-feature-table
• q2-metadata
• q2-moshpit
• q2-quality-control
• q2-quality-filter
• q2-sample-classifier
• q2-sapienns
• q2-taxa
• q2-types
• q2-types-genomics
• rescript

 

3. Tiny Distribution

 

마지막으로 tiny 버전인데 말 그대로 최소한의 기능을 포함하는 버전이라고 합니다. 아나콘다와 미니콘다의 관계 같은 것일까요? 제가 실제로 미니콘다를 사용하고 있는데 용량도 가볍고 미니콘다 만으로도 qiime2 를 구동하는데 어려움이 없어서 좋은 것 같다고 생각하고 있습니다. 근데 이건 최소한으로 어떤 것들을 가지고 있는지를 확인해봐야할 것 같습니다.

 

플러그인은 다음과 같습니다.

• q2-types

분석할때 사용하던 라이브러리가 아니라서 깃허브 들어가서 좀 찾아봤습니다.

어느 정도 분석할 수 있는 것들은 있습니다. 이게 amplicon 버전이랑 용량이 얼마나 차이가 나는지는 잘 모르겠지만 굳이..? 하는 생각은 드네요.

 

 

 

제가 qiime2 를 사용한지 그래도 일년은 더 넘은 것 같은데 새삼스럽게 참 신기합니다. 이런 거 개발하시는 분들은 개발도 개발이지만 이런 생물정보학 쪽 지식도 엄청나게 많아야 할 것 같은데 뭐 하시는 분들인지 참 대단하다는 생각이 들어요. 여튼 덕분에 간편하게 다양한 분석도 할 수 있으니 너무 좋습니다. 감삼당