bioinfo & microbiome

이번에 전사체 데이터 분석을 진행해 보면서 개인적으로 공부했던 부분들, 분석 과정 등을 하나씩 올려보려고 합니다. 원래 자주 하던 분석이 아니라 중간중간 틀린 부분이 있을 수 있는데 댓글로 수정해 주시면 바로 반영하겠습니다. 이전 포스팅에서와 같이 필요에 따라 알맞은 형태의 reference genome 을 얻으면 그 위에 시퀀싱을 수행하여 얻은 수 많은 reads 들을 maping 하는 과정이 필요합니다. 이 과정은 일반적인 alignment 과정과 다르지 않고 일반적으로 프로그램을 통해 수행되기 때문에 그 과정에 대해서는 소개하지 않겠습니다. (HISAT2, STAR, Bowtie2 등) 수행하고 나면 reference genome 상에 우리의 reads 들이 mapping 되는데, 우리의 목표는 어..

이번에 전사체 데이터 분석을 진행해보면서 개인적으로 공부했던 부분들, 분석 과정 등을 하나씩 올려보려고 합니다. 원래 자주 하던 분석이 아니라 중간중간 틀린 부분이 있을 수 있는데 댓글로 수정해주시면 바로 반영하겠습니다. 아직 소개하지 않았지만 reference genome 에 시퀀싱 결과 얻은 reads 를 mapping 하면, 각 유전자를 정량할 수 있습니다. 각 유전자를 정량하여 샘플 간에 결과를 수행할 수 있는데 일반적으로 DEG 분석 (differentially expressed gene) 을 진행하게 됩니다. 그러면 RNA-seq 분석에서 주로 만날 수 있는 volcano plot 을 그릴 수 있는데요, 아래의 그림을 보시면 특별히 색깔로 표시된 점 (유전자) 들이 있습니다. 그것은 엄청나게 ..

이번에 전사체 데이터 분석을 진행해 보면서 개인적으로 공부했던 부분들, 분석 과정 등을 하나씩 올려보려고 합니다. 원래 자주 하던 분석이 아니라 중간중간 틀린 부분이 있을 수 있는데 댓글로 수정해 주시면 바로 반영하겠습니다. NGS 를 수행하여 확보한 reads 들을 실험의 대상으로 사용한 유전체 데이터에 mapping 하는 작업이 필요합니다. 해당 유전체를 기반으로 reads 들을 mapping 함으로써 보다 쉽게 alignment 를 수행하고, 유전자들의 발현량을 mapping 된 reads 수를 기반으로 측정하게 됩니다. 다만, 참조 유전체의 종류에는 여러가지가 있어서 처음에 헷갈리는 부분이 있었습니다. 그 부분에 대해 정리해 보겠습니다. 참조 유전체를 다운로드할 수 있는 여러 가지 데이터베이스들이..

이번에 전사체 데이터 분석을 진행해 보면서 개인적으로 공부했던 부분들, 분석 과정 등을 하나씩 올려보려고 합니다. 원래 자주 하던 분석이 아니라 중간중간 틀린 부분이 있을 수 있는데 댓글로 수정해 주시면 바로 반영하겠습니다. 1. RNA-seq 과 transcriptome (전사체) 가장 가본적인 부분부터 천천히 공부해보려 합니다. 그러기 위해서는 central dogma 를 다시 한번 상기시켜볼 필요가 있습니다. DNA 에서 RNA 를 합성하는 과정을 transcription (전사) 라고 합니다. 그러므로 transcriptome (전사체) 는 'mRNA 등을 포함하는 전사 과정에서 합성되는 물질들' 이라고 정의할 수 있습니다. 그럼 전사체를 시퀀싱, 분석한다는 의미는, 이 과정에서 합성된 물질 (m..