피부 마이크로바이옴 샘플 채취 방법

최근 취업공고를 많이 찾아보고 있는데 gut microbiome 보다는 skin microbiome 쪽으로 공고가 더 많이 나오더라구요.

 

제가 알기로는 피부 마이크로바이옴은 피부쪽을 면봉으로 긁어서 샘플 확보하고 그걸로 실험 들어가서 분변 샘플로 보는 것보다 더 간편하게 실험할 수 있는 걸로 알고 있는데 공부도 할 겸 관련해서 조금 찾아봤습니다.

 

eSwab (premoistened swabbing)  vs Tape-Stripping vs Biopsy

 

1) eSwab (premoistened swabbing)

 

--> 일단 피부를 긁어서 샘플을 얻는 것은 맞는데 일반적인 건조한 면봉보다는 미리 적셔진 면봉, 특히 eSwab 을 사용하는 게 biomass 를 더 많이 얻을 수 있다고 합니다. 

 

ref) Performing Skin Microbiome Research: A Method to the Madness

ref)  Effects of sampling strategy and DNA extraction on human skin microbiome investigations

 

eSwab

-> 일반적으로 이런 면봉을 사용하는 방법이 많이 사용되는데 채취하는 과정에서 면봉을 사용하는 압력, 방향, 횟수 등에 의해 차이가 있을 수 있다고 합니다. 

 

 

2) Tape-Stripping

 

그래서 그 대안으로 제시되는 것 중 하나가 Tape-Stripping 인데 말 그대로 사각형의 테이브를 피부에 붙여놓고 시간이 좀 흐르면 떼어서 용액에 넣고 원심분리를 돌려 펠렛을 얻어내는 방식입니다. 

 

ref)  A Comparison of Techniques for Collecting Skin Microbiome Samples: Swabbing Versus Tape-Stripping

 

아래 논문에서 면봉 vs 테이프를 해봤는데 디스커션쪽을 봐도 그렇게 드라마틱한 차이가 나지는 않아서 상황에 따라 두 가지 방법 중 하나를 선택하면 되지 않나 싶고 최근 논문들 보면 간편하게 swab 사용하는 논문이 더 많긴 하네요.

 

 

3) Biopsies

 

사실 이런 간단한 방법으로 채취된 샘플들은 실제 조직을 얻어서 확인했을때보다 미생물 군집이 과소평가되는 경향이 있긴 합니다. 이런 건 장 마이크로바이옴 분야에서도 어쩔 수 없는 부분인데, 건강한 사람의 장내 상피 조직을 얻는 것은 쉽지 않기 때문에 분변 샘플을 자주 이용합니다.

 

ref) Investigation of the skin microbiome: swabs vs. biopsies

 

근데 피부는 장보다는 조금 상황이 낫지 않나 하는 생각이 들었습니다. 잘은 모르지만 피부의 상피를 실험 대상으로 한다면 상피의 조직을 얻는 거나 스왑으로 바깥쪽을 긁는 거나 차이가 없을 것이라고 생각했습니다.

 

사실 이쪽은 잘 몰랐는데 국소마취제를 바르고 이런 생검 채취기가 있어서 바로 생각보다 간단하게 얻을 수 있는 것 같았습니다. 이 논문에서는 2 mm-punch biopsy 를 했다고 합니다. 사실 이러면 비교하는 게 애매하긴 합니다. 가장 바깥쪽 조직만 얻는 게 아니라 안쪽까지 얻게 되어 생검으로 했을 때 전체적인 미생물 군집에 차이가 있고 혐기성 균주의 풍부도가 높았다고 합니다. 

 

사실 이 부분도 얻게되는 피부의 부분이 다르다 보니 (피부 가장 바깥쪽 vs 2 mm 의 안쪽까지 포함) 연구 목적에 따라 맞춰서 진행을 하지 않을까 싶고 찾아보니 2mm 펀치 생검을 하면 봉합이 필요하다고 하는 걸 보니 생각보다 가볍게 할 만한 건 아닌 것 같습니다ㅋㅋ 아무래도 면봉을 사용하는 게 가장 간단하면서 인풋 대비 아웃풋도 가장 좋지 않나 생각이 됩니다.