Proksee (visualization & annotation with Prokka)

세균의 유전체 분석을 하다 보면 아래와 같은 원형 유전체 지도로 시각화하는 것들을 자주 볼 수 있습니다. 이와 같은 그림으로 시각화할 수 있게 해주는 도구 중에 간편하게 접근가능한 Proksee 라는 도구가 있는데요, 이러한 시각화뿐만 아니라 Prokka 등의 다른 소프트웨어가 해당 도구에 통합되어 있어 다양한 분석까지 쉽게 수행할 수 있게 해 줍니다. 

 

 

https://www.nature.com/articles/s41598-023-41879-8

 

 

 

Proksee - Genome Analysis

Proksee 상에 통합되어있는 Prokka annotation tool 을 통해 gene annotation 과 함께 시각화하는 것에 대해 포스팅합니다.

 

 

1. FASTA, GBK 등 형식의 유전체 데이터 업로드 (annotation 정보가 없는 fasta 형식으로 수행하였습니다.)

 

업로드 이후 Create Map 을 누르면 우측의 아무 정보도 없는 원형의 유전체 지도가 나타납니다.

 

 

 

 

2. Prokka - start 버튼을 눌러 annotation 수행

 

 

 

사진에서 보시는 것과 같이 Prokka 외에도 다양한 annotation 도구들이 있어 다양하게 수행해 볼 수 있습니다.

 

원래는 Prokka 를 수행하기 위해서 리눅스 환경에서 수행하게 되는데 Proksee 를 통해 수행하면 아래와 같이 Prokka 의 결과를 쉽게 통합하여 시각화까지 가능하다는 장점이 있습니다.

 

(Jobs - Prokka - Add to Map) 을 통해 Prokka 결과를 추가할 수 있습니다.)

 

 

 

3. 원하는 유전자만 나타나도록 설정할 수도 있습니다.

 (Display - Settings - Labels - Only Favorites - Yes) -> (Regions - Features - 나타내고자 하는 유전자의 별표시 활성화)

 

 

 

 

# GC Content 및 GC Skew (Sequence Composition)

 

Tools - Sequence Composition 에서 GC Content 와 GC Skew 를 계산하여 시각화에 위와 같이 추가할 수 있습니다.

 

 

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이외에도 유전자 별 색을 바꾼다거나 등의 세밀한 조정도 가능하여 필요에 따라 원하는 그림을 쉽게 제작하실 수 있습니다. 사실 튜토리얼을 보면서 따라해야 할 만큼 복잡하지 않지만 Proksee 자체를 소개하는 차원에서 간단하게 포스팅해보았습니다.