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cytokine and microbiome : 1 마이크로바이옴 논문을 보면 마이크로바이옴을 분석 뿐만 아니라 사이토카인 관련 내용도 많이 연관지어서 묶는 경우를 자주 볼 수 있습니다. 사이토카인이 어렴풋하게 어떤 것인지는 알고 있 hiimgood.tistory.com 이전 포스팅에서 사이토카인의 개념과 마이크로바이옴과의 연결점을 어디서 찾을 수 있는지 간단하게 알아보았습니다. 실제로, 마이크로바이옴과 사이토카인을 함께 다룬 논문에서 결과를 어떻게 해석하고 있는지를 알아보기 위해 몇 가지 논문들을 찾아보고 요약해보았습니다. 3) 마이크로바이옴과 사이토카인 관련 논문 (사이토카인 변화를 중심으로) 1. 지방간 환자를 대상으로 프로바이오틱스 (Lacto, Bifido) 섭취가 gut microbiota, c..

마이크로바이옴 논문을 보면 마이크로바이옴을 분석 뿐만 아니라 사이토카인 관련 내용도 많이 연관지어서 묶는 경우를 자주 볼 수 있습니다. 사이토카인이 어렴풋하게 어떤 것인지는 알고 있었지만 이번 기회에 확실하게 정리하고 싶어서 관련 공부하고 포스팅합니다. 1) 사이토카인 개념 위 영상을 주로 참고하였습니다. cytokine 이란, 세포 또는 백혈구에서 분비되는 단백활성 물질로 세포 간의 정보전달에 관여하는 단백질입니다. 수많은 종류의 사이토카인이 존재하는데 제가 관심있는 것은 염증성 사이토카인과 항염증성 사이토카인입니다. 사이토카인의 역할은 주로 면역세포를 활성화, 증식, 분화를 유도하는 것 입니다. 1. 염증성 사이토카인 : IL-1, IL-6, TNF-a 등은 염증의 발생에 관여하기 때문에 염증성 사이..

마이크로바이옴 데이터에 머신러닝 기법을 적용해보려 할 때 가장 먼저 생각나는 것은 Bacteroides, Prevotella, Ruminococcaceae 분류이다. (이하 B, P, R) 위의 3개의 gut microbiota phenotype 중에서 탄수화물 위주의 섭취 시 나타나는 P type 은 단백질을 많이 섭취하는 현대식단에서 찾아보기 어려운 유형이다. 실제 연구들에서도 단백질 및 동물성 지방 섭취와 관련된 B type의 수는 많지만, P type의 유형은 상대적으로 적은 경우가 적지 않게 보인다. 그런 데이터의 불균형 자체로 어떤 문제가 있는 것은 아니지만, 마이크로바이옴 데이터를 가지고 B, P, R 타입에 대해 분류를 수행할 수 있는 예측모델을 만든다고 했을때는 문제가 생길 수 있다. 데..

오늘은 마이크로바이옴 데이터를 머신러닝 모델에 적용한 논문을 가져왔습니다. 간단하게 리뷰해 보겠습니다. Explainable AI reveals changes in skin microbiome composition linked to phenotypic differences  위 논문에서 강조하는 것은 제목에도 나와있듯이 Explainable AI (이하, XAI)를 사용했다는 것입니다. XAI 란, 말 그대로 설명가능한 인공지능 이란 뜻으로, 머신러닝의 특징 중 하나인 블랙박스 모델에서 벗어나 모델이 결론을 도출하는 과정을 사람이 이해할 수 있도록 하는 것을 말합니다.  머신러닝은 기본적으로 엄청나게 많은 양의 데이터 속에서 사람이 보지 못하는 인사이트를 도출해 내는 것에 강점이 있습니다. 위 논문에서의..

해당 주제에 대한 마지막 포스팅입니다. Sequencing quality (궁금했던 것들) : 2 (illumina Miseq) 지난 번 포스팅에 이어서 작성합니다. Sequencing quality (궁금했던 것들) : 1 (illumina Miseq) 오늘은 실제 NGS 데이터의 QC를 수행하면서, 궁금했던 부분에 대해 공부한 것을 작성하기 위해 포스팅합니다. hiimgood.tistory.com 1. 5'에서 3'으로 진행되면서 quality 가 낮아지는 이유 2. 5'의 5~6 정도의 nucleotide sequence의 퀄리티가 낮게 시작하는 이유 (+ QC 수행할 때 앞부분도 잘라야 하는지) 3. forward read의 퀄리티가 reverse read의 퀄리티보다 좋은 것 같았는데 일반적인 ..

지난번 포스팅에 이어서 작성합니다.  Sequencing quality (궁금했던 것들) : 1 (illumina Miseq)오늘은 실제 NGS 데이터의 QC를 수행하면서, 궁금했던 부분에 대해 공부한 것을 작성하기 위해 포스팅합니다. Sequencing quality (Phred quality score) : 1 (microbiome) 시퀀싱이 완료된 후 파일을 전달받아서 dhiimgood.tistory.com  1. 5'에서 3'으로 진행되면서 quality 가 낮아지는 이유 2. 5'의 5~6 정도의 nucleotide sequence의 퀄리티가 낮게 시작하는 이유 (+ QC 수행할 때 앞부분도 잘라야 하는지) 3. forward read의 퀄리티가 reverse read의 퀄리티보다 좋은 것 같았..

오늘은 실제 NGS 데이터의 QC를 수행하면서, 궁금했던 부분에 대해 공부한 것을 작성하기 위해 포스팅합니다. Sequencing quality (Phred quality score) : 1 (microbiome) 시퀀싱이 완료된 후 파일을 전달받아서 demux 를 하면 해당 sequencing run 에서의 seqeuncing quality 를 확인할 수 있습니다. 퀄리티를 확인한 뒤 quality control tools 를 사용해서 300 bp 의 foward, reverse read 의 hiimgood.tistory.com 제가 실제 NGS 를 수행한 데이터는 아니지만, 일반적으로 위와 유사한 특징을 같고 있습니다. 그래서 일반적으로 보이는 특징 중에서, 궁금했던 것들에 대해 작성해 보겠습니다. ..

Index sequencing primer in NGS  연구실에서 흔하게 수행하는 PCR에서는 paired-end로 수행하는 경우 forward, reverse 등 두 개의 프라이머를 사용하지만 DNA pooling을 통해 많은 수의 샘플을 한 번에 시퀀싱 하는 NGS의 경우에는 추가로 'index sequencing primer'가 필요하다.위의 사진에서 등장하는 Read 1, Read 2는 흔히 사용하는 forward, reverse 프라이머로 양방향에서 target sequence를 증폭시킨다.  Index sequencing primer 는 barcode sequence 가 붙어있는 방향이 forward 라면, forward primer + pad + linker에 상보적인 뉴클레오타이드 시퀀스..

최근까지 melting temperature 가 조금 헷갈리는 단어였는데 최근에 확실하게 알게된 부분이 있어서 나중에 잊어버리기 전에 기록하기 위해 포스팅하려 합니다. 먼저 PCR을 수행할 때 온도의 변화에 대해 간단하게 알아볼 필요가 있습니다. 낮은 온도에서 시작하여 94℃ 정도까지 올라갔을 때 DNA denaturation 이 일어나 dsDNA 가 ssDNA로 분리됩니다. 그 이후에 50℃ 정도의 지점에서 primer 가 template DNA에 붙는 annealing 단계에 진입합니다. 여기서 온도와 관련된 것이 melting temp와 annealing temp입니다. melting temp (이하, Tm) : dsDNA의 중 50% 가 ssDNA로 분리되는 온도 annealing temp (이하..

시퀀싱이 완료된 후 파일을 전달받아서 demux 를 하면 해당 sequencing run 에서의 seqeuncing quality 를 확인할 수 있습니다. 퀄리티를 확인한 뒤 quality control tools 를 사용해서 300 bp 의 foward, reverse read 의 어느 정도를 자르고, 어느 정도를 가지고 분석할것인지를 선택할 수 있습니다. (저의 경우에는 qiime2 에서 DADA2 를 사용합니다.) 이 과정에서 quanlity score 에 대한 것은 illumina 홈페이지에서 확인할 수 있습니다. sequencing quality score 란, 각각의 염기가 잘못 호출될 가능성을 나타내는 지표로 각각의 염기에 대해 phred-like algorithm 을 사용하여 가능성을 측정..